Обычная для протистологии проблема – отсутствие наиболее надежных для филогенетических построений палеонтологических данных. О строении ископаемых инфузорий можно лишь косвенно судить по остаткам неорганических раковин, а безраковинные инфузории, обнаруженные в янтаре, выглядят вполне современно. То есть кроме сравнительной морфологии остается только использование онтогенетических критериев.